Dinas Kesehatan Propinsi NTT sebelumnya adalah Dinas Daerah Tingkat I, yang sudah terbentuk sejak terbentuknya Propinsi NTT 1958. Selama in sudah berganti pimpinan berkali-kali dimana berturut-turut sebelumnya dipimpin oleh :
- Antara 1958 – 1966, mash ada beberapa pimpinan lainnya, yang ikut memimpin Dinas Kesehatan ini.
- H. O. S. Bajideh, sebagai Kcpala Biro Kesra Kantor Gubernur, ia memimpin sementara Dinas Kesehatan saat lowong pimpinan. la menyerahkan tugas kepada dr. A. Ben Mboy.
- Dr. A. Ben Mboy, MPH, Kol. TNI AD, memimpin Dinas Kesehatan antara 1966 – 1971 Saat itu Dinas Kesehatan juga merangkap Kantor Inspektur Kesehatan (Ikes).
- Dr. N. Tibuludji, MPH, memimpin Dinas Kesehatan antara 1971 – 1979 dan kemudian juga sebagai Kanwil yang baru terbentuk kemudian, yaitu Januari 1976. la sekanjutnya pindah menjadi Kepala Kantor BKKBN Propinsi NTT, yang baru terbentuk.
- Dr. H. Fernandez, juga memimpin Dinas dan Kanwil, antara 1979 – 1988. la sekaligus memimpin Golkar, yang merupakan kekuatan politik utama saat itu. Mengakhiri tugasnya, ia terpilih menjadi Ketua DPRD Propinsi NTT lalu menjadi Gubernur NTT periode 1988 – 1993
- Dr. Derven J. Lada, SKM, Kol. TNI AD, memimpin Dinas dan Kanwil bersamaan, antara 1988 – 1993. Selanjutnya a hanya memimpin Kanwil sampai 1994.
- Dr Agus J. Berek, yang memimpin Dinas Kesehatan dari tahun 1989 – 2000, memulai pemisahan Pimpinan Dinas Keshatan dan Kanwil Depkes Propinsi, yang sebelumnya mempunyai satu Pimpinan.
- Dr. Olga Sentosa, sebagai Pelaksana harian sementara antara Oktober 2000 sampai 15 Januari 2001, menggantikan dr Agus Berek yang memasuki masa pensiun.
- Dr. R. E. P. Lamanepa, MPH, memimpin Dinas Kesehatan Propinsi yang baru sesuai UU Otonomi Pemerintah Daerah, sejak 15 Januari 2001 sampai sat ini, Juni 2002, yang berakhir dengan memohon berhenti untuk mengembangkan karir dan profesi di Depkes Jakarta.
Menyelingi kegiatan Dinas Kesehatan, dalam sejarah tercatat juga adanya Kanwil Depkes Propinsi NTT, yang riwayatnya sebagai berikut.
Kanwil Depkes NTT pada awalnya dipimpin secara rangkap olch Kepala Dinas Kesehatan Provinsi, yang kemudian baru pada tahun 1993 dipisah, dipimpin oleh pejabat tersendiri. Secara berturutan Kanwil di NTT dipimpin oleh :
- Dr. N. Tibuludji, MPH, 6 Januari 1976 – 1 April 1979, schelumnya ia adalah Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Kupang, lalu Direktur RSU Yohanes dan setelah akhir masa tugasnya ini menjabat Kakanwil BKKBN NTT hingga pensiun. Pada masa tugasnya menjabat Kakanwil, ia juga merangkap jabatan Kepala Dinas Kesehatan Provinsi, Pada awal kegiatan Kanwil, semua staf masih berkantor bersama di Kantor Dinas Kesehatan di belakang RSU Yohanes. Pada akhir masa tugasnya, semua staf Kanwil Depkes pindah ke gedung kantor yang sekarang di jalan Palapa. Saat itu letak kantor ini masih di pinggir kota, kini termasuk di tengah kota yang sibuk.
- Dr. Hendrikus Fernandez, I April 1979 – 1987, sebelumnya ia adalah Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Flores Timur 1963 – 1973, lalu menjadi anggota PR RI hingga 1977 kemudian Direktur RSU Yohanes Kupang, sebelum menjadi Kakanwil. Terakhir, ia merangkap sebagai Ketua DPD I Golkar, mengakhiri tugas Kakanwilnya untuk menjadi Ketua DPRD NTT dan kemudian Gubernur NTT periode 1988 – 1993, sekaligus memasuki masa pensiun. Pada masa tugasnya juga, jabatan Kakanwil mash dirangkap dengan jabatan Kepala Dinas Kesehatan Provinsi.
- Dr. Derven J. Lada, SKM, Kol. TNI, 1987 – 11 Juli 1994, sebelumnya ia adalah Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Kupang 1976 – 1980, kemudian Kepala Bidang Pemberantasan Penyakit Menular Kanwil Depkes NTT merangkap Kepala Detasemen Kesehatan Korem Angkatan Dart di Kupang, dan mengakhiri tugasnya di Departemen Kesehatan hingga pensiun. Pada masa tugasnya, sejak 1989, jabatan Kakanwil dipisahkan dari jabatan Kepala Dinas Kesehatan Provinsi, sehingga jabatan Kepala Dinas Kesehatan Provinsi diserahkan kepada dr. gus J. G. Berek, yang sebelumnya ia adalah Kabid Pemberantasan Penakit pada Kanwil Depkes NTT.
- Dr. Bambang Purnomo, 11 Juli 1994 – 4 November 1999, sebelumnya adalah Kepala Bidang Bina Program Kanwil Depkes NTB, dan memulai karirnya sejak Puskesmas, Direktur RSU dan Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten di Lombok Tengah. Setelah bertugas di NTT.
- selanjutnya dipindahkan sebagai Kakanwil Depkes DI Jogjakarta hingga sekarang. Dr. Romanus Eddy Purwanto Lamanepa, MPH, 11 Desember 1999 – 31 Desember 2000. Sebelumnya, ia memulai karir di Puskesmas Waiwadan lalu Waiwerang, Flotim, Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten di 3 kabupaten yaitu di Sikka, TTS kemudian Kabupaten Kupang. Setelah itu sejak 1997 melanjutkan tugasnya di Kanwil Depkes NTT sebagai Kabid Tenaga Kesehatan selama beberapa bulan, lalu Kepala Bagian Tata Usaha, dan ditunjuk sehagai Kakanwil terakhir pada November 1999. Pada 31 Desember 2000 akan menyelesaikan tugasnya, bersamaan dengan dileburnya Kanwil Depkes menyatu dengan Dinas Kesehatan Provinsi, sat dimulainya sistem otonomi daerah yang lebih las per Januari 2001, Selama kehadiran Kanwil in banyak yang sudah dilakukan bersama Dinas Kesehatan Provinsi, bersama berbagai sektor, bersama semua kabupaten dan kota. Secara singkat yang diuraikan disini hanya kegiatan selama tahun 2000, berikut permasalahan dan saran perbaikannya uutuk Dinas Kesehatan Provinsi versi baru, yang akan meneruskan semua kegiatan in selanjutnya.
Semua cerita iersebut akhirnya membawa Pembanguman Kesehatan memasuki tahun 2001 masa milenium baru, menuju tahun 2002, yang ditandai dengan lahirnya otonomi daerah dan desentralisasi versi baru, dengan wewenang daerah yang lebih besar, terutama di tingkat kabupaten dan kota.