Dinas Kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil Provinsi NTT merupakan salah satu unsur perangkat daerah Pemerintah Provinsi NTT yang dalam penyelenggaraan pemerintahan sebagai pelayanan masyarakat, pelaksana pembangunan dan pembinaan kemasyarakatan. Tugas pokok Dinas Kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil membantu Gubernur dan Wakil Gubernur melaksanakan urusan pemerintah daerah di bidang kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil berdasarkan asas otonomi/yang menjadi kewenangan daerah dan pembantuan di bidang Kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil yang di tugaskan kepada daerah.

Fungsi Dinas Kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil adalah melaksanakan tugas teknis operasional di bidang kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil yang meliputi pengembangan dan pembinaan pelayanan kesehatan, Pencegahan dan Pemberantasan Penyakit Menular dan Tidak Menular, Kesehatan Masyarakat, Pengembangan Sumber Daya Manusia Kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil. Selain itu juga berfungsi sebagai pelaksana teknis fungsional di bidang kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil berdasarkan kebijakan Gubernur Nusa Tenggara Timur serta pelaksanaan pelayanan teknis administrasi ketatausahaan yang meliputi kepegawaian, Perencanaan, Evaluasi serta Keuangan. Kesehatan yang menjadi kewenangan daerah, Dinas Kesehatan Provinsi NTT dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 1 Tahun 2019 tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur Nomor 9 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dan Peraturan Gubernur Nomor 6 Tahun 2019 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas Dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Kesehatan Provinsi Nusa Tenggara Timur yang dirubah dengan Peraturan Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur Nomor 2 Tahun 2021 tentang perubahan Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur (Lembaran Daerah Provinsi NTT Tahun 2021 Nomor 002, Tambahan Lembaran Daerah Provinsi NTT Nomor 0117.

Dinas Kesehatan, Kependudukan dan Pencatatan Sipil dipimpin Kepala Dinas Kesehatan yang dibantu oleh Sekretariat dan 5 Bidang Dinas (Bidang Sumber Daya Manusia Kesehatan; Bidang Kesehatan Masyarakat; Bidang Pelayanan Kesehatan; Bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit; Bidang Kependudukan dan Catatan Sipil) serta 3 UPTD (UPTD Laboratorium Kesehatan; UPTD Pelatihan Tenaga Kesehatan; UPTD Rumah Sakit Jiwa Naimata), dengan masing-masing Sub Bagian/Seksi sebagai berikut :

1. Sekretariat terdiri dari 3 (tiga) Sub Bagian yaitu :
   1. Sub Bagian Program, Data dan Evaluasi;
   2. Sub. Bagian Keuangan;
   3. Sub Bagian Kepegawaian dan Umum;
2. Bidang SDM Kesehatan membawahi 3 (tiga) Seksi :
   1. Seksi Perancanaan dan Pendayagunaan SDM Kesehatan;
   2. Seksi Legalitas Tenaga Kesehatan dan Institusi Diklat SDM Kesehatan;
   3. Seksi Pengembangan SDM Kesehatan;
3. Bidang Kesehatan Masyarakat membawahi 3 (tiga) seksi:
   1. Seksi Kesehatan Keluarga, Gizi dan KB;
   2. Seksi Promosi dan Pemberdayaan Masyarakat;
   3. Seksi Kesehatan lingkungan, Kesehatan Kerja dan Olahraga;
4. Bidang Pelayanan Kesehatan membawahi 3 (tiga) seksi :
   1. Seksi Pelayanan Kesehatan Primer dan Tradisional;
   2. Seksi Pelayanan Kesehatan Rujukan;
   3. Seksi Kefarmasian dan Alat Kesehatan;

6. Bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit membawahi 3 (tiga) seksi :
   1. Seksi Surveilans dan Imunisasi;
   2. Seksi Pencegahan dan Pengendalian Penyakit menular;
   3. Seksi Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Tidak Menular dan Kesehatan Jiwa;
7. Bidang Kependudukan dan Catatan Sipil membawahi 3 (tiga) seksi :
   1. Seksi Fasilitasi Pendaftaran Penduduk;
   2. Seksi Fasilitasi Pencatatan Sipil;
   3. Seksi Pengelolaan Informasi Administrasi Kependudukan dan Pemanfaatan Data;